在噴霧幹燥機生產中產生了大量的粉塵、噪聲、油霧、固體廢棄物等汙染排放。在噴霧幹燥設備操作過程中產生的多種汙染物中，粉塵是主要的副当前產品。粉塵是懸浮于氣體介質中的小固體粒子，能因重力作用發生沉降，但在某一段時間內能保持懸浮狀態，具有擴散性且不易控制。粉塵直接影響生產車間的環境，帶來職業健康與安全問題，因此在操作使用噴霧幹燥設備過程中我們要合理的控制其所產生的粉塵，噴霧幹燥設備粉塵控制主要從以下幾方面進行：
       對噴霧幹燥機局部密封、整體密封或者密閉小室等，將噴霧幹燥設備的產塵點用密封罩封住，可減少物料散落和揚塵；噴霧幹燥設備的高度勢能差是由搬運設備的料鬥、防護罩、溜槽等因粉料落差所產生的，如果減少落差，有些密閉室就會造成負壓，可有利于粉塵的收集，以免擴散；選擇密封性能較好的運輸設備，減少卸料物流的高差和傾角，使得各作業間的配置變得靈活、高效，亦能減少散落和揚塵；爲了減少粉塵汙染，也可以通過排風系統除去室內粉塵。
       爲了減少粉塵的飛揚，噴霧幹燥機中的氣體速度不宜過高，對粒徑爲1mm左右的物料氣速爲0.3-1.0m/s；對粒徑爲5mm左右的物料，氣速在3m/s以下。對于可抗高溫且不怕汙染的物料，除熱空氣外，煙道氣也可作爲烘幹介質，以獲得較高的烘幹速率和熱效率。